עלה לקבוצה הבוגרת בעונת 2018-19

עומר צמח במחלקת הנוער של המועדון, דרך האקדמיה שמפעילה הפועל לכדורגלנים צעירים מצטיינים בתנאי פנימייה. הוא היה לראשון ממחלקת הנוער של הפועל קטמון ירושלים דאז שכבש במדי הקבוצה הבוגרת - שער שהעלה את הקבוצה לחצי גמר גביע הטוטו של הלאומית 2018-19, בדרך לזכייה.

בעונת 2020-21 עבר אגבדיש הסבה לתפקיד המגן הימני ותפס מקום של קבע בהרכב. הוא התבלט במהירות וביכולת הכדרור שלו, הבקיע פעמיים וסייע לקבוצה להעפיל לליגת העל. במהלך שלוש העונות הבאות לקח חלק פעיל בהגנת הפועל בליגה הבכירה, בין אם מהספסל או כשחקן הרכב. בעונת 2023-24 המשיך במגמת ההתקדמות עם הופעות תכופות על הדשא בטדי, שבעקבותיהן זומן גם לסגל הנבחרת הצעירה.

בעונת 2024-25 רשם 32 הופעות, כבש שער ניצחון מול אשדוד, והאריך את חוזהו עד לסיום עונת 2026-27. בעונה החולפת ביסס את מעמדו כמגן הפותח של הקבוצה, רשם 28 הופעות והיווה בורג מרכזי בכל רגעי המפתח של העונה.

כיום, עומר הוא אחד משחקני הבית הוותיקים בסגל, ודמות אהובה ומוערכת במיוחד בקרב קהל האוהדים.